Universitas Prasetiya Mulya menjalin kerjasama dengan Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI). Bentuk kerjasama ini diwujudkan dalam penandatanganan Nota Kesepahaman (MoU) antara Universitas Prasetiya Mulya dan LIPI di Gedung Sasana Widya Sarwono LIPI yang diwakilkan oleh Prof. Djisman Simandjuntak selaku Rektor dari Universitas Prasetiya Mulya dan Dr. Laksana Tri Handoko, M.Sc selaku Deputi Bidang Ilmu Pengetahuan Teknik Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia.
Selain dihadiri oleh sejumlah tenaga ahli dari LIPI, turut hadir dalam acara penandatanganan Wakil Rektor I Universitas Prasetiya Mulya, Prof. Yudi Samyudia, Wakil Rektor II Universitas Prasetiya Mulya Prof. Djoko Wintoro, Ph.D, Lenny Sunaryo, Ph.D selaku Director of External Academic Coorporation Universitas Prasetiya Mulya, Franky Supriyadi, Ph.D, selaku Director of Applied STEM Academic Affairs, Dr Eka Ardianto selaku Director of Applied STEM Admissions, dan sejumlah Faculty Member dari Universitas Prasetiya Mulya.
Rektor Universitas Prasetiya Mulya, Prof Djisman Simandjuntak menuturkan bahwa ruang lingkup kerja sama tersebut akan meliputi beberapa hal, diantaranya pertukaran tenaga ahli (resources sharing), dimana LIPI akan menjadi konsultan untuk kurikulum STEM di Universitas Prasetiya Mulya, dan para tenaga ahli dari LIPI dapat berkonsultasi dengan Universitas Prasetiya Mulya terkait pengembangan bisnis dan ekonomi.
Deputi Bidang Ilmu Pengetahuan Teknik Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, Laksana Tri Handoko menyambut baik kerja sama ini. Ia mengatakan bahwa LIPI akan terbuka dalam menyediakan infrastruktur riset. “Kerja sama ini merupakan simbiosis mutualisme yang sangat baik dan diharapkan dapat meningkatkan keberhasilan proyek riset kedua belah pihak ke depan”
Ke depan, kerja sama ini juga akan mencakup kerja sama bidang rekayasa komputer, teknologi kimia, makanan dan nano hidro. Jangka waktu kerja sama ini berlaku untuk jangka waktu lima tahun, terhitung sejak ditandatangani dan dapat diperpanjang atau diakhiri atas persetujuan kedua belah pihak.
Mulai Tahun Ajaran 2017, Universitas Prasetiya Mulya akan resmi membuka Applied School of Science, Technology Engineering and Mathematics (School of Applied STEM) . Jurusan baru yang termasuk di dalamnya adalah S1 Business Mathematics, S1 Computer Engineering, S1 Energy Engeineering, S1 Food Technology & Business dan S1 Software Engineering.